Заболеванию наиболее подвержены мужчины в возрасте от 20 до 30 лет, но оно может возникнуть и в старшем возрасте. Гендерная принадлежность заболевания обусловлена, вероятнее всего, нахождением гена, ассоциирующегося с эозинофильным эзофагитом, в Х-хромосоме.
Впервые эозинофильный эзофагит был описан в 1960-х годах, однако в самостоятельную патологию эта болезнь была выделена только в 1990-х. В те годы была выявлена группа пациентов с ГЭРБ, не отвечающих на традиционное медикаментозное лечение. Позже было получено гистологическое подтверждение патологии. Точных данных о распространенности этого заболевания в мире нет. Его исследования продолжаются по сей день, так как накопленных на сегодня данных недостаточно.